A.D.2009，在經歷瞭和天頂星人Zentraedi的那場近乎導致人類滅亡的星間戰爭後，幸存下來的人類和Zentraedi彼此融合，開始瞭以種族延續為目的的銀河播種計畫。A.D.2059，人類為尋求...

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A.D.2009，在經歷瞭和天頂星人Zentraedi的那場近乎導致人類滅亡的星間戰爭後，幸存下來的人類和Zentraedi彼此融合，開始瞭以種族延續為目的的銀河播種計畫。A.D.2059，人類為尋求可居住的惑星，不斷在銀河系中探尋新天地。載有千萬人的超長距離移民船團Macross Frontierྐྵ號)，航行於銀河系中心附近。與Frontier臨近的21號移民船團Macross Galaxy上在住的現役偶像歌手Sheryl Nome，為舉行Live來到Frontier。Ranka Lee在去Live途中邂逅作為飛行員養成生的Alto，三人的不期而遇，彼此的命運從此相互牽系！而此時，Frontier遭遇不明敵人的強力攻擊，移民船團上的人們又將何去何從？新的Macross物語即將展開！