該故事講述瞭古日本的室町時代中葉，在那個戰亂頻繁的動搖時代，一名武士醍醐景光，為瞭能在紛爭不斷的戰國時代中嶄露頭角，出人頭地，不惜與魔神訂立“禁斷的契約”，將自己的親身兒子獻給48個魔神，作為力量的交...

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該故事講述瞭古日本的室町時代中葉，在那個戰亂頻繁的動搖時代，一名武士醍醐景光，為瞭能在紛爭不斷的戰國時代中嶄露頭角，出人頭地，不惜與魔神訂立“禁斷的契約”，將自己的親身兒子獻給48個魔神，作為力量的交換。48個魔神分別取走瞭嬰孩身體的48個部位，因此，這個孩子一出生就缺少瞭身上的48個部位。而狠心的父親又把這個殘缺不全的嬰兒拋入河中，幸好被一為名為壽光的醫生所救。醫生給他做瞭身體上失去的各個部位，補足瞭身體上的所缺，並給他取名叫百鬼丸，並把他撫養長大。但由於百鬼丸的特殊體質，使得他非常容易引來惡靈，並且危害到撫養他的壽光。長大的他意識到自己會給別人帶來危險，於是決定離開自己的救命恩人壽光，找一個能讓自己安身的安全地方。 　　在途中的某一天夜裡，在山洞中露宿的百鬼丸偶然聽到瞭神秘的談話聲，這個聲音告訴他他身體殘缺的48個部位被是被48個魔神取走的，隻有打倒這48個魔神，才能取回自己身體所缺損的部位。於是百鬼丸決定找到那48個妖怪，打敗他們，奪回自己的肉身，獲得重生。於是百鬼丸開始瞭他的復仇旅程。在旅途中，他偶然救瞭一個女孩多羅羅，多羅羅是一個身世淒慘的孤兒，在動亂的戰國時代淪為流浪的小偷